يعتبر برنامج الطب في جامعة أطلس، برنامجًا متكاملًا حيث إنه يركّز على المواضيع بشكلٍ دقيق بدلًا من التركيز على الأقسام، ويدمج ما بين العلوم الطبية الأساسية والسريرية، كما أنه مقسّم إلى 3 مراحل أساسية وهي: العلوم الأساسية، الأنظمة، التدريب السريري. وفي السنة السادسة من الدراسة، يتدرّب الطلاب بشكل متميز قبل التخرج، ويتم إعدادهم ليكونوا أطباء أكفاء ومسؤولين.