يستجيب برنامج الدكتوراه في الحضارة الإسلامية والفكر والتاريخ والأدب، الذي يقدمه معهد الدراسات الصوفية بجامعة أوسكودار، للمشهد المتطور للبحث العلمي من خلال تبني مناهج متعددة التخصصات تتجاوز التدريب المهني التقليدي. مع وجود هيئة من الخبراء مخصصة لتعزيز الدراسات حول المخطوطات والمصادر الأولية، يركز البرنامج على لغات البحث مثل العربية والفارسية والتركية العثمانية. ويهدف إلى تحقيق الاعتراف الدولي بالأعمال المنتجة ضمن الجغرافيا الثقافية السلجوقية والعثمانية. لدعم هذا الهدف، يتم التركيز على تطوير مهارات الكتابة والتحدث باللغة الإنجليزية.