يتعامل برنامج هندسة الكمبيوتر في جامعة أطلس بشكل أساسي مع البرمجيات والخوارزميات والبرمجة، بالإضافة إلى العمل بشبكات الكمبيوتر وإدارة قواعد البيانات والأنظمة المدمجة، كما أن الطلاب في هذا البرنامج يدرسون لغة البرمجية وتكامل الأجهزة وتصميم البرامج والبرمجيات.